Pro každou zájmovou oblast zvlášť byly zpracovávány rozsáhlé společné přeshraniční modely, které simulují proudění podzemních vod. Garantem zpracování přeshraničních modelů je vedoucí partner (VÚV TGM, v.v.i.). Pro tyto modely byla nezbytná výměna dat mezi českou a německou stranou a společné odborné interpretace výsledků modelů, zaměřené na vodní režim oblasti Hřensko–Křinice/Kirnitzsch a oblasti Petrovice–Lückendorf–Jonsdorf–Oybin. Výstupem jsou především společné přeshraniční mapy proudění a ovlivnění hladin podzemních vod pro celou řadu scénářů vytvořených na základě možného využívání vodních zdrojů a vlivu klimatu.
Na začátku roku 2012 byla vedoucím partnerem vytvořena zadávací dokumentace a proběhlo výběrové řízení na zhotovení modelů proudění podzemních vod. Ve spolupráci s vítězem výběrového řízení, společností AQUATEST, a.s., byl připraven přehled dat, která jsou potřebná pro vytvoření přeshraničních modelů proudění podzemních vod v obou zkoumaných oblastech. V květnu 2012 se konal v Drážďanech společný workshop organizovaný projektovým partnerem LfULG, který byl zaměřen především na vytvoření datové základny. V říjnu 2012 byla dokončena první etapa prací a předány zadavateli modely proudění pro českou část modelovaných území. Následně byla doplňována další data a informace jak z české, tak ze saské strany – šlo zejména o časové řady odběrů podzemních vod a také nové saské geologické a hydrogeologické podklady, které zpracovala Friedrich Schiller Universität Jena (Dr. Thomas Voigt) a společnost G.E.O.S. a byly předány pro využití v modelech proudění podzemních vod v 1. čtvrtletí 2014 (popis tohoto výstupu projektu je uveden na stránkách projektu ke stažení). Ke kontrole postupu prací na modelech proudění podzemních vod, pro tvorbu modelových scénářů a pro řešení připomínek a námětů proběhlo několik kontrolních dnů za účasti saských odborníků. Dokončení a předání výsledků přeshraničních modelů proudění, které zpracovali Mgr. Ondřej Nol a Mgr. Jiří Vaněk ze společnosti AQUATEST, a.s., proběhlo v květnu 2014. Souhrny výsledků modelů proudění podzemních vod jsou ke stažení na stránkách projektu.