Bei der Erstellung der Strategien für die Untersuchungsgebiete soll auch der mögliche Einfluss des Klimawandels auf den Gesamtwasserhaushalt in Betracht gezogen werden. Die Studie zum Einfluss des Klimawandels wurde vom Lead Partner erarbeitet, der sächsische Projektpartner lieferte dafür Daten und Informationen. Auf Basis der vorliegenden Daten wurde vorrangig eventueller Einfluss der Klimaänderungen auf die Temperatur und den Niederschlag beurteilt. Aus der Sicht der Klimakenngrößen werden beide Untersuchungsgebiete als eine Einheit betrachtet. Es wurde Analyse der Datenverfügbarkeit durchgeführt und eine Übersicht der Niederschlags- und Lufttemperaturmessstationen erstellt, die in dem abgegrenzten Gebiet sowohl auf der tschechischen als auch auf der sächsischen Seite lokalisiert sind. Es wurde eine statistische Auswertung der gemessenen Stationsdaten realisiert. Im Mai 2013 fand in Dresden ein gemeinsamer Workshop zu den Fragen der Auswirkungen von Klimawandel statt. Die Ergebnisse der Klimastudie dienen vor allem zur Abschätzung der Grundwasserneubildung als Input für die Szenarien der Grundwasserströmungsmodelle. Die Studie wurde im März 2014 abgeschlossen, eine Zusammenfassung steht auf der Website des Projekts bereit.