Podpovrchová voda je součástí oběhu vody v krajině. Vzniká vsakováním srážek (déšť nebo tající sníh) pod povrch území, a pomocí pramenů se odvodňuje do povrchových toků (potoky, řeky). Množství půdní a podzemní vody se neustále mění, podle množství srážkové vody, která je vsákne pod povrch.
Co rozhoduje o tom, jaká část deště nebo tajícího sněhu se vsákne? Záleží na tom, jak dobře je propustná půda a hornina (písčité půdy a horniny jsou dobře propustné, jílovité špatně propustné). Důležité je i množství vody, které se vypaří – v letním horku se většina vody i z velkých dešťů obvykle vypaří. Přívalové deště z bouřek rychle odtečou po povrchu a také se moc nevsáknou. Pro doplňování zásob podpovrchové vody jsou proto mnohem důležitější sněhové a dešťové srážky v chladnější polovině roku. Za celý rok se u nás průměrně dvě třetiny až tři čtvrtiny vody ze srážek vypaří.