Podzemní voda je součástí hydrologického cyklu, její množství se tedy neustále mění. Vsakováním srážek je podzemní voda doplňována, a naopak průběžně odtéká do povrchových vod. Když hodně prší a vsakuje se víc vody, než odtéká, zvětšuje se množství podzemní vody v hydrogeologické struktuře. Když prší málo nebo vůbec, vsakuje se méně vody, než odtéká, a množství podzemní vody se zmenšuje.
Podzemní vody je jen omezené množství. Je proto důležité vědět, kolik podzemní vody v různých místech ČR máme, abychom mohli určit, kolik jí můžeme odebírat (pro zásobování pitnou vodou, pro závlahy aj.). Stanovení množství podzemní vody se počítá v hydrologické bilanci (viz publikace Město a voda).